新华书店是中华人民共和国国有图书发行企业，隶属于中共中央宣传部，中国出版集团之下，是国家官方的书店，也是国家刊物宣传与发售处之一，新华书店总店不同时期曾直属于中央党报委员会、中央出版委员会、中央出版局、中央宣传部、国家出版总署、文化部、国家出版局、国家新闻出版总署等领导机关。2002年4月，按照中央文化体制改革战略部署，新华书店总店成为组建中国出版集团的十二家重要成员单位之一。其发行网点遍及全国城镇，其管理机构为新华书店总店。

新华书店总店是中央一级图书、音像出版物大型批发企业，隶属中国出版集团。新华书店总店具有丰富的书业营销运作经验，在长期发展中，构筑了全国性的购销网络、仓储运输网络和资金结算网络，具备集约化、规模化经营条件。为适应图书市场日益发展的需要，在图书发行业务中加大高新科技手段的利用，正在建设全国出版物信息网络系统和企业管理系统。企业机构健全，实力雄厚，拥有固定资产逾3亿元，营业面积及仓储场地近8万平方米，承担向全国5000余家各级新华书店及社会书店办理中央一级、北京地区及全国各地500多家出版社的出版物进发货业务。

新华书店网上商城隶属于新华互联电子商务有限责任公司。新华互联电子商务有限责任公司成立于2015年10月20日，是由新华书店总店联合全国各省市新华书店共同出资，以新华书店网上商城的建设和运营为核心的高新技术企业。公司围绕“立足文化，服务产业”的宗旨，建立适应互联网与移动互联网时代环境的全品种、优质化的出版物发行电商平台，形成线上营销和线下体验相结合的出版物发行新模式，努力成为具有核心竞争力的现代科技文化企业。