马祖酒厂实业股份有限公司正式成立于1999年8月8日，董事会置董事九人，推选产生董事事长一人，并置监事三人。董事会下设南竿厂、东引厂及台北直营店，其经营型态以公司体制运作，为连江县所属的公营事业公司，肩负马祖地区主要财源收入之重任。

马祖酒厂南竿厂前身设址于复兴村的「中兴酒厂」，成立于1956年，循古法酿酒，早年以生产老酒、高粱酒及药酒为主，隶属马祖战地政务委员会。1970年扩建厂房于现址，更名为马祖酒厂，始初具规模，产量逐年递增。南竿厂以生产大麴、高梁、药酒和陈年老酒较受欢迎，如今推出的「元尊」高粱酒、陈年高粱系列产品，更是声名远播。

南竿厂窖藏于八八坑道中的马祖老酒，由于存放时间超过20年，香醇柔顺，口感特佳。经国内各大媒体大幅报导，马祖陈年老酒顿时声名大噪，销量大增。

东引酒厂草创于1956年冬，原名「中兴酒厂东引分厂」，1961年东引指挥部接管更名为东引酒厂。1979年谢久任指挥官时，斥资新台币1200万元进行扩厂，至1980年7月竣工，始具备现代化酒厂规模。东引厂以酿制高粱酒为主，包括大麴酒、高粱酒及陈年高粱酒，早年曾经生产风湿酒、黄龙酒、百子千岁酒等各式药酒，近年已停产。

历数十年来，东引厂在品质、酿造技术和产量方面，均有突破性进步，尤其以东涌陈高，远近驰名。近年来，并已成为马祖地区畅销的白酒，数度供不应求，造成缺货，由此可见东涌陈高受到欢迎的程度。

南竿厂与东引厂都设有展示馆，不论团体或个人，都欢迎入内参观、品酒。